馬公國中 109 學年度聯課活動社團如下：

合唱團        拳擊社       國樂團        桌遊社       管樂團       美術應用       

造型氣球     閱讀指導    桌球社       田徑社       愛讀書       科普影片

古典小說     四子棋      立體紙雕     滾球社       墨藝創作   打擊樂隊    

越南語         跆拳社      書法社        吉他社

備註:拳擊社僅開放七年級同學選填